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教学二号无法使用高斯软件

thaikon陶象 2024-07-09 15:14:43
[楼主]1楼

老师好,我在教学二号更新后,试图使用教学二号运行高斯程序,但无法运行。

我的脚本内容:

<code lang="slurm">

#!/usr/bin/env bash

#SBATCH -c 2

#SBATCH -J H2

#SBATCH --nodes=1

#SBATCH --partition=compute

#SBATCH -o jobid%j-%N.out

#SBATCH -e jobid%j-%N.error

module load gaussian16

g16 H2.gjf

formchk H2.chk

</code>

之后 sbatch submit.sh 提交任务,但无法正常运行,在输出的 H2.log 文件中可以看到,高斯在运行一开始就会报错:

<code lang="txt">

Cite this work as:

Gaussian 09, Revision E.01,

M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,

M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci,

G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian,

A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada,

M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima,

Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr.,

J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers,

K. N. Kudin, V. N. Staroverov, T. Keith, R. Kobayashi, J. Normand,

K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi,

M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross,

V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,

O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,

R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,

P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,

O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,

and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2013.

******************************************

Gaussian 09: EM64L-G09RevE.01 30-Nov-2015

9-Jul-2024

******************************************

Route card not found.

Error termination via Lnk1e in /nfs-share/home/2001110394/gaussian/g09/l1.exe at Tue Jul 9 15:06:51 2024.

Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.0 seconds.

File lengths (MBytes): RWF= 0 Int= 0 D2E= 0 Chk= 0 Scr= 0

</code>

但如果直接在命令行运行:

g16 H2.gjf

就能正常运行。

我的任务目录是:/nfs-share/home/2001110394/gaussian

希望老师看看这是什么问题,谢谢老师!

thaikon陶象 2024-07-09 15:28:49
[楼主]2楼

另外,教学二号更新之后,系统的很多命令都不一样了,我一大堆脚本都得重写,比如之前用的一个查看各节点还有多少核空闲的脚本(我这边的路径是:/nfs-share/home/2001110394/FreqScript/pc_checkidle_sbatch.py),现在都没法用了,官网 https://hpc.pku.edu.cn/stat/wmjxeh 上显示的运行情况也根本不对,不知道老师能不能修复一下这些问题,对旧的脚本多一下兼容呢?谢谢老师~

thaikon (陶象) 在 ta 的帖子中提到:

老师好,我在教学二号更新后,试图使用教学二号运行高斯程序,但无法运行。

我的脚本内容:

[代码]

……

PKUCC北京大学计算中心 2024-07-09 16:48:06
3楼

最近更新了作业调度系统,方便的话把问题发送到hpc@pku.edu.cn,以便我们调试

thaikon (陶象) 在 ta 的帖子中提到:

另外,教学二号更新之后,系统的很多命令都不一样了,我一大堆脚本都得重写,比如之前用的一个查看各节点还有多少核空闲的脚本(我这边的路径是:/nfs-share/home/2001110394/FreqScript/pc_checkidle_sbatch.py),现在都没法用了,官网 https://hpc.pku.edu.cn/stat/wmjxeh 上显示的运行情况也根本不对,不知道老师能不能修复一下这些问题,对旧的脚本多一下兼容呢?谢谢老师~

EuygnoEuygno 2024-09-20 10:48:28
4楼

请问楼主最后这个问题怎么解决的

thaikon (陶象) 在 ta 的帖子中提到:

老师好,我在教学二号更新后,试图使用教学二号运行高斯程序,但无法运行。

我的脚本内容:

[代码]

……

thaikon陶象 2024-09-20 14:49:32
[楼主]5楼

g16 < H2.gjf

就可以了,但是稍微大一点的体系还是会报错

Euygno (Euygno) 在 ta 的帖子中提到:

请问楼主最后这个问题怎么解决的

EuygnoEuygno 2024-09-20 15:11:00
6楼

非常感谢,问题解决了!

thaikon (陶象) 在 ta 的帖子中提到:

g16 < H2.gjf

就可以了,但是稍微大一点的体系还是会报错