求助生信小伙伴帮忙,请吃饭,一顿不行请两顿,没错 - 医学部(HSC)版 - 北大未名BBS
返回本版
1
/ 1
跳转

求助生信小伙伴帮忙,请吃饭,一顿不行请两顿,没错

[复制链接]
楼主

swan [在线]

天空之城

0.0没等级

发帖数:2 原创分:0
<ASCIIArt> 1楼

目前在做肿瘤,想从tcga和go数据库搜索下载RNA-seq数据,自行分析,但是不知道具体应该怎么操作,求好心人路过帮小女子一把,请吃饭哈哈

发表于2020-01-14 21:38:53

EdChin [在线]

Jinyoung C

3.6中级站友

发帖数:693 原创分:0
<ASCIIArt> 2楼

看来是两顿也没找到呀

你这几个都是啥数据库呀

第一次听

哎,看来我还是太菜了🙈

swan (天空之城) 在 ta 的帖子中提到:

目前在做肿瘤,想从tcga和go数据库搜索下载RNA-seq数据,自行分析,但是不知道具体应该怎么操作,求好心人路过帮小女子一把,请吃饭哈哈

发表于2020-01-20 01:16:05

ccfpwll [离线]

龙温德

3.6水井

发帖数:796 原创分:0
<ASCIIArt> 3楼

the cancer genome atlas, gene ontology ...

我觉得医学部可以考虑开门课讲讲这种分析

EdChin (Jinyoung C) 在 ta 的帖子中提到:

看来是两顿也没找到呀

你这几个都是啥数据库呀

第一次听

……

发表于2020-01-20 18:15:37

lxp [离线]

萍芜无踪

2.7主序星

发帖数:99 原创分:0
<ASCIIArt> 4楼

下载比较容易,可以从NCBI下面的SRA条目里下载,RAW也可以,非常好下载,之后分析就不会了。

swan (天空之城) 在 ta 的帖子中提到:

目前在做肿瘤,想从tcga和go数据库搜索下载RNA-seq数据,自行分析,但是不知道具体应该怎么操作,求好心人路过帮小女子一把,请吃饭哈哈

发表于2020-01-21 12:44:08

simonyang [在线]

** **

2.4主序星

发帖数:353 原创分:0
<ASCIIArt> 5楼

如果只是下载很容易,但是要是全套分析流程的话还是挺麻烦的,如果你没基础的话(不过看你问这问题应该是没啥基础)

swan (天空之城) 在 ta 的帖子中提到:

目前在做肿瘤,想从tcga和go数据库搜索下载RNA-seq数据,自行分析,但是不知道具体应该怎么操作,求好心人路过帮小女子一把,请吃饭哈哈

发表于2020-01-21 18:26:11

simonyang [在线]

** **

2.4主序星

发帖数:353 原创分:0
<ASCIIArt> 6楼

TCGA的话用Xena下载比较方便,GEO的话就是找文章然后点相应的链接找到对应的Geneset,或者直接搜索Geneset;一般要看看拿到的啥数据,counts还是TPM还是标准化之后的数据什么的,然后走DESeq2的pipeline或者limma的pipeline均可,再进行富集分析,常见的可视化是火山图,热图,boxplot等。


转录组数据好就好在你怎么分析都问题不大,对结果不会有太多影响,该显著的就是那么显著,除非数据不太行

swan (天空之城) 在 ta 的帖子中提到:

目前在做肿瘤,想从tcga和go数据库搜索下载RNA-seq数据,自行分析,但是不知道具体应该怎么操作,求好心人路过帮小女子一把,请吃饭哈哈

发表于2020-01-21 18:31:40

motaguoke [离线]

孤帆远影

6.8震古烁今

发帖数:6418 原创分:12
<ASCIIArt> 7楼

我怎么觉得是怎么分析都能得到一套结果……水坑极深

比如deseq/deseq2/edgdr对同一套数据结果都不太一样……挺难受的

simonyang (** **) 在 ta 的帖子中提到:

TCGA的话用Xena下载比较方便,GEO的话就是找文章然后点相应的链接找到对应的Geneset,或者直接搜索Geneset;一般要看看拿到的啥数据,counts还是TPM还是标准化之后的数据什么的,然后走DESeq2的pipeline或者limma的pipeline均可,再进行富集分析,常见的可视化是火山图,热图,boxplot等。


转录组数据好就好在你怎么分析都问题不大,对结果不会有太多影响,该显著的就是那么显著,除非数据不太行

签名档

TA当初没有选择你,其实真的不是因为你不够好

所以相应的,今天的你再光芒万丈,也未必能让TA后悔

 最后修改于2020-01-21 19:01:38
  • 发表于2020-01-21 19:01:22

simonyang [在线]

** **

2.4主序星

发帖数:353 原创分:0
<ASCIIArt> 8楼

总之我是听人说DESeq2假阳性比较高,edgeR假阳性比较低,但是也没有非常详细地比较过

总的来说大部分差异基因是差不多的,完全一样肯定不可能,选那些最显著差异的就好了,涉及到的基因通路也大概差不多就好了。最后不是还得实验验证嘛…

motaguoke (孤帆远影) 在 ta 的帖子中提到:

我怎么觉得是怎么分析都能得到一套结果……水坑极深

比如deseq/deseq2/edgdr对同一套数据结果都不太一样……挺难受的

发表于2020-01-21 21:11:47

motaguoke [离线]

孤帆远影

6.8震古烁今

发帖数:6418 原创分:12
<ASCIIArt> 9楼

那倒是……反正我做比较的时候,deseq2、edger还想还有个star效果都比较奇怪……最后只好取交集(

simonyang (** **) 在 ta 的帖子中提到:

总之我是听人说DESeq2假阳性比较高,edgeR假阳性比较低,但是也没有非常详细地比较过

总的来说大部分差异基因是差不多的,完全一样肯定不可能,选那些最显著差异的就好了,涉及到的基因通路也大概差不多就好了。最后不是还得实验验证嘛…

签名档

无法依存于记忆中的东西,会像薄纱一样在暮色中摇曳,最终与黑暗融为一体

发表于2020-01-22 01:35:00
返回本版
1
/ 1
跳转

请您先 登录 再进行发帖

快速回复楼主
标题
建议:≤ 24个字
签名档
发布(Ctrl+回车)

您输入的密码有误,请重新输入