教学二号无法使用高斯软件 - 北京大学计算中心(PKU_CC)版 - 北大未名BBS
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教学二号无法使用高斯软件

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楼主

thaikon [在线]

陶象

3.3中级站友

发帖数:418 原创分:0
<只看ta> <ASCIIArt>
1楼

老师好,我在教学二号更新后,试图使用教学二号运行高斯程序,但无法运行。

我的脚本内容:

#!/usr/bin/env bash
#SBATCH -c 2
#SBATCH -J H2
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --partition=compute
#SBATCH -o jobid%j-%N.out
#SBATCH -e jobid%j-%N.error

module load gaussian16
g16 H2.gjf
formchk H2.chk


之后 sbatch submit.sh 提交任务,但无法正常运行,在输出的 H2.log 文件中可以看到,高斯在运行一开始就会报错:

Cite this work as:
Gaussian 09, Revision E.01,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian,
A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada,
M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima,
Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr.,
J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers,
K. N. Kudin, V. N. Staroverov, T. Keith, R. Kobayashi, J. Normand,
K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,
P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2013.

******************************************
Gaussian 09: EM64L-G09RevE.01 30-Nov-2015
9-Jul-2024
******************************************
Route card not found.
Error termination via Lnk1e in /nfs-share/home/2001110394/gaussian/g09/l1.exe at Tue Jul 9 15:06:51 2024.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 0 Int= 0 D2E= 0 Chk= 0 Scr= 0


但如果直接在命令行运行:

g16 H2.gjf

就能正常运行。

我的任务目录是:/nfs-share/home/2001110394/gaussian

希望老师看看这是什么问题,谢谢老师!

发表于2024-07-09 15:14:43
楼主

thaikon [在线]

陶象

3.3中级站友

发帖数:418 原创分:0
<只看ta> <ASCIIArt>
2楼

另外,教学二号更新之后,系统的很多命令都不一样了,我一大堆脚本都得重写,比如之前用的一个查看各节点还有多少核空闲的脚本(我这边的路径是:/nfs-share/home/2001110394/FreqScript/pc_checkidle_sbatch.py),现在都没法用了,官网 https://hpc.pku.edu.cn/stat/wmjxeh 上显示的运行情况也根本不对,不知道老师能不能修复一下这些问题,对旧的脚本多一下兼容呢?谢谢老师~

thaikon (陶象) 在 ta 的帖子中提到:

老师好,我在教学二号更新后,试图使用教学二号运行高斯程序,但无法运行。

我的脚本内容:

[代码]

……

发表于2024-07-09 15:28:49

PKUCC [离线]

北京大学计算中心

6.6棕熊

发帖数:778 原创分:0
<只看ta> <ASCIIArt>
3楼

最近更新了作业调度系统,方便的话把问题发送到hpc@pku.edu.cn,以便我们调试

thaikon (陶象) 在 ta 的帖子中提到:

另外,教学二号更新之后,系统的很多命令都不一样了,我一大堆脚本都得重写,比如之前用的一个查看各节点还有多少核空闲的脚本(我这边的路径是:/nfs-share/home/2001110394/FreqScript/pc_checkidle_sbatch.py),现在都没法用了,官网 https://hpc.pku.edu.cn/stat/wmjxeh 上显示的运行情况也根本不对,不知道老师能不能修复一下这些问题,对旧的脚本多一下兼容呢?谢谢老师~

发表于2024-07-09 16:48:06

Euygno [离线]

Euygno

0.1新手上路

发帖数:0 原创分:0
<只看ta> <ASCIIArt>
4楼

请问楼主最后这个问题怎么解决的

thaikon (陶象) 在 ta 的帖子中提到:

老师好,我在教学二号更新后,试图使用教学二号运行高斯程序,但无法运行。

我的脚本内容:

[代码]

……

发表于2024-09-20 10:48:28
楼主

thaikon [在线]

陶象

3.3中级站友

发帖数:418 原创分:0
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5楼

g16 < H2.gjf

就可以了,但是稍微大一点的体系还是会报错

Euygno (Euygno) 在 ta 的帖子中提到:

请问楼主最后这个问题怎么解决的

发表于2024-09-20 14:49:32

Euygno [离线]

Euygno

0.1新手上路

发帖数:0 原创分:0
<只看ta> <ASCIIArt>
6楼

非常感谢,问题解决了!

thaikon (陶象) 在 ta 的帖子中提到:

g16 < H2.gjf

就可以了,但是稍微大一点的体系还是会报错

发表于2024-09-20 15:11:00
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